アルテマウェポンやオメガウェポンと何度もエンカウントできるようになるのは、あれがウェポン「型」のモンスターだからではないかと考えています。オメガウェポンやアルテマウェポンの存在を知ってあこがれていた何者かが、死んだ際にそれらになったのではないでしょうか。

これは興味深い考えですね。
しかしこれを軸に考えるとすると、こういう仮説も成り立つのではないでしょうか。
スピラの魔物は、ある程度限られた種類しか存在しない事が分かっています。ある者は狼となって、ある者はプリンとなる。
それと同様に、かつての僧官オメガよろしく極めて特殊な状況で、かつ強い想いを抱いて死んでいった者はウェポン種族になる。
ウェポン種族の多種族モンスターに比べての希少さからすると、
こういった考えの方がよりあり得そうな気はするのですが、如何でしょう。

そうですね、希少性を考慮に入れると、「特殊状況と想いの強さ」説のほうがありえそうだと思います。
単にあこがれるだけなら、もっとたくさんいてもいい気がしますし。