これだけならまだ謎とは少し言いがたいですが、本当に変なのは
「黒チョコボが二つのクリスタルを食べていたこと」です。
これはどう考えても有り得ないと思うのですが。

なぜなら、カルナックとクレセントは結構遠い。
ゲーム中では「クリスタルは飛べる（飛ぶ）」みたいな話は一切出てきませんでした。
風のクリスタルならわかるものの、（いや、ちょっと厳しいか）火のクリスタルがあんなに長い距離飛べるはずないです。

爆風の衝撃にしては遠すぎですし、クリスタルにはヒビ一つ入っていなかったみたいですので。
しかも二つも同じ方向に、また並行に並んで進むなど考えられません。おそらくこの点は一番解明が難しいのでは。

そうなると、次に考えられるのは「海で流された」。
こっちの方がいささか確率は高いかと。一応火のクリスタルなので水はどうかと思いましたが、「クリスタル」ですし、それに宿っている職業の心には別に火に関連が深いものではありませんでしたし。
（どれなのか詳しくは覚えていませんでしたが、とりあえず火のクリスタルには「忍者」「狩人」「魔獣使い」「風水師」「吟遊詩人」の心が宿っていました。特に火に関連はないようです。）

なので、一応海は大丈夫かと思いましたが、ここでまた疑問。
この際一気に出します。
「なぜ海のモンスター（生物）が食べなかったか」
「なぜ二つとも黒チョコボが食べていたのか」
「クリスタルの重さについて」

まず一つ目。
現実を持ち込みますが、こっちでも亀や魚がビニール袋を食べて死亡するという事件があります。
なので、モンスター等が食べるのも十分有り得る話だと思います。実際黒チョコボ食べてるし・・。

二つ目。
これが一番大きな疑問かと。
なぜならクリスタルが同じような場所に行き着いてるという時点で不自然だからです。
まあ、実際に食べた点ではクレセントは海に面しているので疑問は無いかと思います。

最後に三つ目。これもかなりの謎です。

つまり「クリスタルは相当重いのではないか」ということ。疑問等ではないですが。
なぜなら、あんな小さいクリスタルのかけらを二つ体内に入れているぐらいでバッツ一人も運べなかったのに、いったんクリスタルを吐き出すと４人乗っても軽々と飛べるようになったことです。
ただ、これに関しては胃に刺さってたとか、気分が悪くなったとかの理由かもしれませんが。

>火のクリスタルと黒チョコボ
こちらですけど、私はこれ「黒チョコボがカルナック付近まで飛んで来て、
たまたま落ちていたクリスタルのかけらを食べてしまった」と思っていました。この考え方についてはどう思われますか？
クリスタルのかけら二個を飲み込んでいた黒チョコボは、バッツを乗せて飛ぶ事こそ出来ませんでしたが、
バッツの体重58kg、一人なら何とか飛べて、クレセントまで帰って来れた可能性はあるのではないでしょうか。

なるほど。盲点です！
実際カルナックの方には森が結構ありましたし。