当該セリフの全体と、当時の状況とを合わせて考えてみますと、
単にストラゴスが話を大きくして語っているだけという感じがします。
例えば、ストラゴスがヒドゥン戦中ずっと戦闘不能状態だったとしても同様のセリフを言う訳ですよね。
これについては、リルムのストラゴスに関するセリフが参考になりそうです。

　「ああでもしてやる気を出さなきゃ、一生口だけのジジイになっちゃうよ」

このセリフにおける「口だけ」はもしかしたら取り方が複数あるかもしれませんが、
「口では調子の良い事を言うジジイ」と解釈すれば、遂に伝説のモンスターを倒したという喜びもあって
これ以上ないという程舞い上がっていたストラゴスが、調子に乗ってある事ない事言っていたと考えるのも不自然ではないと思います。
自身の武勇伝を殊更に誇張して語る人っていますよね。そんな感じで昔からの戦友であるガンホーに対し、
やはり昔から追い続けてきたモンスターを倒せた喜びを、自分自身の(ともすれば自分一人の)大活劇として語った。
悪気があった訳じゃないでしょう。何とも無邪気です。
そう見ると、実に微笑ましい光景である様に見えるのですが、如何でしょうか。

そうですね。
確かにヒドゥンを倒した喜びはすごく大きいでしょうね。

ちょっと思ったのですが、僕のときはグラディウスを装備させていたのですがグラディウスを装備していたのにわざわざ杖で攻撃したと話を変えるでしょうか？
杖で攻撃したというより短剣（誇張するなら剣や槍）という方が自然だと思うのですが・・・。

一つ考えられる事としては、ストラゴスが生粋の杖使いだからではないかという仮説が立てられます。
ストラゴスはサマサの村に住む事からも分かる通り魔導士ですから、
詳しいパラメータの事は覚えてませんが力はそんなに高くはなかったと思われます。
恐らく年齢も問わず、若い頃もそうだったのではないでしょうか。
そうなりますと、下手に短剣などを装備するよりはロッド系武器を装備していた方が有利であるケースはよくあった事でしょう。
ストラゴスは、昔からロッド系武器を主に使用していたのではないでしょうか。
昔から数々のモンスターを相手にしてきたストラゴスです。ロッドを手に数々の武勇伝を打ち立ててきた事でしょう。
特にヒドゥンは彼が若い頃から追い求めてきたモンスターですから、それを倒した事でついかつての想いが去来したとするなら、
今何を装備していたかとは関係無く、当時の、ロッドを装備していた自分の姿を投影させていたと考える事も出来るのではないでしょうか。

しかし２のような熟練度システムもなく、短剣を装備してもロッドを装備しても物語の中では同じようにうまく使いこなす事ができます。

それなのになぜロッドを装備するかと考えてみるとやはり魔力に関係するからだと思うんですよ。
だから「ロッドを手に数々の武勇伝を打ち立ててきた」というのはやはり物理攻撃をするためでなく、魔法をするためだったと考えられるのではないでしょうか？

またＦＦの世界では魔導師はたたかうをしてもほとんどダメージを与えられないため、やはり魔法で攻撃しますよね？
相手がゴブリンなどのような雑魚敵（６ならガードなど）ならたたかうをするかも知れませんが、サマサのまわりというのは敵はまあまあ強いです。
ストラゴス１人、またはガンホーと一緒にいたとしてもたたかうだけでは苦戦するはずです。やはり魔法を使ったはずです。

つまりガンホーは杖では攻撃しないということを知っているので、「杖で・・・」というよりも「魔法で・・・」といったほうがガンホー側としては納得のできる言葉だとおもうのですが・・・。

うーむ、ごもっとも。
文脈からしてあのストラゴスの話にはそれまで長い流れがあったと思われる訳ですが、
ここはストラゴスが杖を使わざるを得ない状況に追い込まれていたと想定して、
彼の言う所の「何処までも続くかと見える洞窟」を抜けるまででMPが尽きていたとするなら…
と、ここまで考えて気付きました。ストラゴスの語る話がそこまで具体性を帯びてくると、
今度は過去の自分を投影させてたりとかいう「非現実性」とは明らかに釣り合わなくなってきますね。

あらら、何だかダメっぽそうな感じが。思い付いた時は自分で言ってて「良い話だなあ」なんて思ってたのに(笑)

今考えてみるとガンホーはヒドゥンにやられたことからヒドゥンは見つけにくいだけではなく強いということも知っているはずです。
そんな相手にストラゴスが杖で倒すことは無理だとわかっているような気がします。

ストラゴスがどういう理由があって杖で攻撃したかはわかりませんが、ガンホーは何も考えずにただストラゴスと喜んでいたのではないですかね？
まずあの２人は年なのでそこまで考えられないような・・・（笑）