これはテラの飛空挺なのにもかかわらず、
ガイアの人種にも操縦できるみたいなので一体どういった仕組みになっているのかとても気になりました。

ガイアの人間にも操縦出来る様であるという事ですが、私としてはここからまず考えたい所です。
実際インビンシブルの操作はプレイヤーが行いますし、移動するかどうかの選択もジタンが行っています。
しかし、操縦まで彼等が行っていると言えるかどうか。
ジタンがインビンシブルの飛行やまたパーティー編成を行えるあの場所はマップ名を参照してみると分かりますが
「ブリッジ」であって操縦室ではない様で、操縦機器のある場所は他にあると考えられます。
だとすると操縦は誰が行っているのか。考えるに、それはテラの人々ジェノムだったのではないでしょうか。
インビンシブルはアレクサンドリア襲撃時、ガーランドが乗ってガイアへとやって来ていますが、
あの時ガーランドがいたのは「ブリッジ」だった様に思いますので(ここが一番不確かです)、
ガーランド自身が操縦していた訳ではないと思われ、
つまり操縦に関してはガーランドが命じる形でジェノムが担当していたのではと推測出来ます。
DISC3終了間際、ミコトと共にインビンシブルに乗ってテラを脱出した訳ですが、この時の操縦もそのジェノム達だったのではないか、
そしてその後も操縦を担当してくれているのではないか、と考えました。
インビンシブルの操縦を担当していたジェノムが、ただただガーランドからそれだけを命ぜられていたのだとするなら、
テラ脱出後も相変わらずその操縦に従事していると考える事は出来ると思われます。

ジェノム操縦説ですか。
たしかに可能性はありそうですね。