まずあそこでは武器の威力が逆転するという現象がありまして、入り口付近にも「強は弱、大は小、天は地」というようなものが書いてありました。
それならば、何故防具や魔法の効果は逆転しないのでしょうか？

武器の威力が逆転するということは、例えばアイアンソードとミスリルソード。それぞれ素材の品質の差があるので切れ味に与える影響も違うと思います。コレが逆転すると勿論「ミスリル品＞アイアン品⇒ミスリル品＜アイアン品」になります。
ですがアマダンベストとミスリルベストはどうでしょうか？
こちらは「アマダン品＞ミスリル品」逆転すれば「アマダン品＜ミスリル品」となるはずですが内部では逆転しません。

それに魔法も装備品同様に「ファイア＜ファイガ」という関係なのに全く逆転せず「ファイア＜ファイガ」という関係のまんまです。

上記謎について自分なりに考えてみましたが、これは考えれば考えるほど難問です。とは言え、取り敢えず現段階での考えを記しておこうと思います。
そもそも私は以前からこの現象を認識していたんですが、これまでは単に「その現象が武器にしか影響を与えていないから」くらいにしか考えてませんでした。しかしこれが「じゃあ何故武器にしか影響を与えないのか」となると確かに難しいですね。
恐らく、まず一つポイントとなるのは「古城内部では武器の攻撃力が『60-武器の攻撃力』」となる点です。この時、各キャラの能力値としての「力」には一切の影響がありませんから、この現象は武器のみに、即ち「物質」のみに影響を与えるものと言えるでしょう。
となると、「物体」としての実態がない魔法の威力が逆転しないのはこれで説明が付きそうな気がします。この現象は「物質」に対してのみ影響を与えると。うーん…ちょっと説得力が弱い感じがありますが。「じゃあ何で物質にしか影響がないのか」とまで突っ込まれると答えられませんし。
それに、勿論この考えでは防具の能力が逆転しない事の説明にはなりません。更に言うなら武器に関しても、「たたかう」でのダメージは変化するのにスタイナーの「ショック」などのアビリティで与えるダメージ量は変化しないという謎も残ったままとなってしまいます。

どうやら更に謎が深まってしまったようです…
この謎を解くとしたら、「武器と、防具や魔法との相違点」を見付ける事、それから「『たたかう』と、その他の攻撃アビリティとの相違点」を見付ける事、この二つがポイントになりそうな気がします。