グラフィックを見て気になりました。
というのも山らしき場所のヒビから入るのに対し、内部はかなりの広さを
思わせる別世界のような空間だったので。

ちょっと確認してみましたが確かに、
明らかに雲の様なものが見えますし、空らしきものすら見えますね。
あれを現実的科学的に説明するのはちょっと無理がありそうですが、別の観点からというのも中々の難題です。
と言いますのも、個人的にあの桃源郷というのはチョコボが人間から距離を置く為の隠れ蓑的意味があると感じているのですが、
さて人間から離れるに当たって、あの地が素晴らしい環境だからあそこへと行ったのか、
それとも人間の手に届かないあの地を素晴らしい場所へと変えていったのか。
チョコボの桃源郷って存在の不思議さの割には全く成り立ちとかが語られる事がありませんから、
そういった観点から想像する事も容易ではないんですね。
チョコボ含だと入れるのに人間またはモーグリだけだと入れない事からすると何やら異空間な感じを漂わせますが、
それは単に結界とかそういう問題に過ぎないのかもしれませんし…

たしかに様々な視点から見ても説明は難しいかもしれないですね。
「桃源郷」ということですから「記憶の場所」に類似したような場所になっていて、もしかしたら彼らチョコボ種族の夢や理想などの想いのようなものがあの空間を反映させたのかもしれないですね。
とはいってもこの自論に全く何も根拠はありませんが。

その線もあるかと思います。
デブチョコボはFF5以降度々召喚獣として登場してきましたが、FF9では特定の宝箱を開けた者に夢を見させる事も出来る様ですし、
もしあそこを統治しているデブチョコボが召喚獣的存在なのだとしたら、それは現実的な説にもなりますしね。
デブチョコボからあの地が何故「桃源郷」と呼ばれているかとか、成り立ち秘話とかを聞けないのが非常に残念な所です。