ＦＦの本を引っ張り出して調べてみました。
１の飛空艇は、動力源は「ふゆうせき」だったと思います・・・

３の飛空艇の動力源「時の歯車」は、別名を「永久機関」ともいわれています。燃料とかではなさそうだと思います。
ノーチラスとインビンシブルはよくわかりませんが・・・
（ＦＦ３・基礎知識編より）

４は、バロン国に伝わる古の浮遊術を、シドが解読して、飛空艇に生かした様です。（ＦＦ４・設定資料編より）

５は、エンジンは２つの巨大な電磁石とプラズマを利用したものらしいです。（ＦＦ５・基礎知識編より）

９は、霧が動力源だったでしょうか・・・？

２についてはシドが改造したと思われますが、確信はないです・・・
他のＦＦシリーズはわかりません。

FF1の「ふゆうせき」と、FF9の霧(後に蒸気)は知っていましたが(そしてこれらは正しい筈です)、
FF3,4,5については知りませんでした。情報ありがとうございます。

FF3のエンタープライズに用いられる「時の歯車」が「永久機関」と呼ばれているのであれば、
これは燃料式でないと考えて良さそうですね。
FF4の浮遊術については、前進後進旋回等の移動までが「浮遊術」の効果として含まれていると考えれば問題はなさそうですが、
流石にそこまでの設定はないですよね…
とは言うものの、もとから「いつまででも飛んでいられる」→「燃料式ではなさそう」という事が自明なので、
現実的でない方法によって飛行している事さえ確認出来るのならそれで十分なような気もします。
後は、全飛空艇についての情報というか設定が得られるかどうか、という所でしょうか。